福建省环境工程重点实验室(以下简称重点实验室)经省科技厅、环保厅批准成立,依托福建省环境科学研究院建设,于2008年9月通过福建省科技厅验收。重点实验室是我省环境保护领域的重要科技创新平台,是全省组织环境科学高水平基础及应用基础研究、重大技术攻关、聚集和培养优秀科技人才、开展国内外学术交流活动的重要实践基地,是福建省“水环境健康与安全协同创新中心”核心成员单位,是“海西水环境健康与安全保障协同创新中心”、“珠江流域水环境联合研究院”、“福建省海洋生物资源开发利用协同创新中心”的成员单位,也是重点实验室还是福州大学、福建师范大学和福建农林大学的教学与实习基地,也是经批准设立的博士后创新实践基地。