福建省食品微生物与酶工程重点实验室是福建省科学技术厅批准立项建设的省级重点实验室。重点实验室依托集美大学（海洋食品与生物工程学院）建设，充分结合福建省特色食品资源以及自身的科研优势，积极响应国家海洋战略和党的十九大做好“三农”工作的重要精神，重点围绕福建省特色食品产业发展开展基础应用研究、关键技术创新以及产业化应用研究。实验室围绕福建省特色食品资源和产业发展关键技术开展基础应用研究，以解决企业技术难题、促进企业自主创新为导向，建设集新型发酵、传统发酵、食品工程、酶工程、功能性食品、生理活性物质、食品添加剂等研究及分析检测为一体的综合性、开放重点实验室，主要开展以下三方面的研究： 食品微生物代谢调控与酶资源挖掘、改造；食品发酵与食品酶工程技术；食品发酵与酶工程应用技术开发。 重点实验室的建设与发展得到福建省科学技术厅、厦门市科学技术局、集美大学的大力支持。截止2021年底，实验室总面积达3300㎡，各型仪器设备总值4491万元。实验室现有固定科研人员25人，其中正高级职称13人，副高级职称8人，具有博士学位21人。此外，另有客座教授4人，其中闽江学者讲座教授2人。 自2014年以来，团队共获得科研立项140余项，科研经费共4700余万元。其中获得国家重点研发计划、国家支撑计划项目、国家自然科学基金项目以及其他国家级项目19项；福建省重大/重点科技项目、福建省自然科学基金项目以及其他省部级项目25项，横向项目62项。研究成果曾获福建省科技进步奖一等奖1项，二等奖2项，三等奖2项；厦门市科技进步奖二等奖2项，三等奖3项；其他获奖6项。团队科研人员共发表论文近500篇，其中SCI论文200余篇、EI论文90余篇，授权发明专利50余项，实验室的科技成果转化至相关企业，产生的经济效益超过10亿元，带动就业人口超过5000人。 重点实验室注重对外服务及科研资源共享，不断提高科研资源的利用率和对外服务能力。主要体现在积极接承社会相关单位的食品安全与检测、微生物资源调查与代谢产物开发、新食品开发等横向项目，自2014年实验室对外服务项目达100多项，经费收入达1,617万余元。
