本中心从“海上福州”建设的战略需求出发，聚焦海洋资源开发利用与生态环境保护，充分发挥闽江学院原有院系的优势和特点，针对福州及邻近海域的生态环境问题与渔业安全生产需求，组建了“海洋生态环境研究中心”，主要研究方向为：
1）海洋渔业资源评估与生态系统管理
开展福州及邻近水域渔业资源评估与管理、渔业生态系统动力学和渔业资源增养殖研究。
2）海岸带植物资源开发利用与保护
开展海岸带植被生态功能多样性、绿色海岸带植被防护林体系和海岸带动态变化监测技术研究。
3）流域-近海环境污染及生态灾害控制技术
典型新兴污染物的迁移、转化及对生态功能类群的危害；典型生态灾害的实时监测、预警和处置；河口及滨海湿地对污染物的控制机制、近岸受损生境的修复方法及其生物资源养护技术等。
